Weighted Gene Coexpression Network Analysis and Machine Learning for the Determination of Tfh Cell and B Cell Infiltrating Biomarkers in Thymoma-Associated Myasthenia Gravis

重症肌无力 胸腺瘤 细胞 医学 免疫学 肿瘤科 内科学 生物 计算生物学 病理 遗传学
作者
Zidong Li,Miao Lu,Gang Ren,Hailong Wang,Lijuan Shangguan,Hongping Zhao,Xinyi Li
出处
期刊:Heliyon [Elsevier]
卷期号:10 (14): e34364-e34364
标识
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34364
摘要

Patients with thymoma (THYM)-associated myasthenia gravis (MG) typically have a poor prognosis and recurring illness. This study aimed to discover important biomarkers associated with immune cell infiltration and THYM-associated MG (THYM-MG) development. Gene expression microarray data were downloaded from The Cancer Genome Atlas website (TCGA) and Gene Expression Omnibus (GEO). A total of 102 differentially expressed genes were investigated. According to the immune infiltration data, the distribution of Tfh cells, B cells, and CD4 T cells differed significantly between the THYM-MG and THYM-NMG groups. WGCNA derived 25 coexpression modules; one hub module (the blue module) strongly correlated with Tfh cells. Combining differential genes revealed 21 intersecting genes. LASSO analysis subsequently revealed 16 hub genes as potential THYM-MG biomarkers. ROC curve analysis of the predictive model revealed moderate diagnostic value. The association between the 16 hub genes and infiltrating immune cells was further evaluated in TIMER2.0 and the validation dataset. Draggability analysis identified the therapeutic target genes PTGS2 and ALB, along with significant drugs including Firocoxib, Alclofenac, Pyridostigmine, and Stavudine. This was validated through MD simulation, PCA, and MM-GBSA analyses. The interaction between numerous activated B cells and follicular helper T cells is closely associated with THYM-MG pathogenesis from a bioinformatics perspective. Hub genes (including
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
深情安青应助贾苏戏采纳,获得10
1秒前
2秒前
肖淑美完成签到 ,获得积分10
2秒前
5433发布了新的文献求助10
3秒前
黑糖珍珠完成签到 ,获得积分10
4秒前
jfc发布了新的文献求助10
4秒前
5秒前
沉静海安完成签到 ,获得积分10
6秒前
舒适映寒完成签到,获得积分10
6秒前
Shandongdaxiu发布了新的文献求助10
6秒前
无辜秋珊发布了新的文献求助10
6秒前
Olive完成签到,获得积分10
7秒前
杭啊完成签到 ,获得积分10
7秒前
大大大大黄完成签到,获得积分10
9秒前
七夜发布了新的文献求助10
10秒前
爱因斯坦那个和我一样的科学家完成签到,获得积分10
12秒前
Ulrica完成签到,获得积分10
12秒前
抹茶肥肠完成签到 ,获得积分10
13秒前
yiyayy完成签到,获得积分10
13秒前
烟花应助tzj采纳,获得10
13秒前
无辜秋珊完成签到,获得积分10
15秒前
16秒前
0109完成签到,获得积分10
17秒前
吕可爱发布了新的文献求助10
18秒前
李友健完成签到 ,获得积分10
19秒前
啊泉完成签到,获得积分10
19秒前
研友_8Y26PL完成签到 ,获得积分10
19秒前
可靠的雪碧完成签到 ,获得积分10
20秒前
陈小青完成签到 ,获得积分10
22秒前
JUN发布了新的文献求助10
24秒前
着急的小松鼠完成签到,获得积分10
25秒前
shadow完成签到 ,获得积分10
27秒前
共享精神应助deanna采纳,获得10
29秒前
坚定幻嫣完成签到 ,获得积分10
29秒前
三颗石头完成签到,获得积分10
30秒前
dada完成签到 ,获得积分10
30秒前
音符丷完成签到 ,获得积分10
31秒前
一只饺子完成签到,获得积分10
36秒前
守护最好的坤坤完成签到,获得积分10
37秒前
CatSYL完成签到 ,获得积分10
38秒前
高分求助中
The late Devonian Standard Conodont Zonation 2000
Nickel superalloy market size, share, growth, trends, and forecast 2023-2030 2000
The Lali Section: An Excellent Reference Section for Upper - Devonian in South China 1500
Smart but Scattered: The Revolutionary Executive Skills Approach to Helping Kids Reach Their Potential (第二版) 1000
Very-high-order BVD Schemes Using β-variable THINC Method 850
Mantiden: Faszinierende Lauerjäger Faszinierende Lauerjäger 800
PraxisRatgeber: Mantiden: Faszinierende Lauerjäger 800
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3248882
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2892279
关于积分的说明 8270432
捐赠科研通 2560561
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1389110
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 651004
邀请新用户注册赠送积分活动 627850