Comprehensive analysis of translation from overexpressed circular RNAs reveals pervasive translation from linear transcripts

生物 翻译(生物学) RNA剪接 开放式参考框架 内部核糖体进入位点 遗传学 核糖核酸 计算生物学 RNA结合蛋白 打开阅读框 真核翻译 信使核糖核酸 细胞生物学 基因 肽序列
作者
Hung Ho-Xuan,Petar Glažar,Claudia Latini,Kevin Heizler,Jacob Haase,Robert Hett,Marvin Anders,Franziska Weichmann,Astrid Bruckmann,Debbie L. C. van den Berg,Stefan Hüttelmaier,Nikolaus Rajewsky,Christina Hackl,Gunter Meister
出处
期刊:Nucleic Acids Research [Oxford University Press]
卷期号:48 (18): 10368-10382 被引量:55
标识
DOI:10.1093/nar/gkaa704
摘要

Abstract Circular RNAs (circRNAs) encompass a widespread and conserved class of RNAs, which are generated by back-splicing of downstream 5′ to upstream 3′ splice sites. CircRNAs are tissue-specific and have been implicated in diseases including cancer. They can function as sponges for microRNAs (miRNAs) or RNA binding proteins (RBPs), for example. Moreover, some contain open reading frames (ORFs) and might be translated. The functional relevance of such peptides, however, remains largely elusive. Here, we report that the ORF of circZNF609 is efficiently translated when expressed from a circZNF609 overexpression construct. However, endogenous proteins could not be detected. Moreover, initiation of circZNF609 translation is independent of m6A-generating enzyme METTL3 or RNA sequence elements such as internal ribosome entry sites (IRESs). Surprisingly, a comprehensive mutational analysis revealed that deletion constructs, which are deficient in producing circZNF609, still generate the observed protein products. This suggests that the apparent circZNF609 translation originates from trans-splicing by-products of the overexpression plasmids and underline that circRNA overexpression constructs need to be evaluated carefully, particularly when functional studies are performed.
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