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Multi-ancestry genome-wide association analyses identify novel genetic mechanisms in rheumatoid arthritis

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作者
Kazuyoshi Ishigaki,Saori Sakaue,Chikashi Terao,Yang Luo,Kyuto Sonehara,Kensuke Yamaguchi,Tiffany Amariuta,Chun Lai Too,Vincent A. Laufer,Ian C. Scott,Sébastien Viatte,Meiko Takahashi,Koichiro Ohmura,Akira Murasawa,Motomu Hashimoto,Hiromu Ito,Samer Hammoudeh,Samar Al Emadi,Basel Masri,Hussein Halabi,Humeira Badsha,Imad Uthman,Xin Wu,Lin Li,Ting Li,Darren Plant,Anne Barton,Gisela Orozco,Suzanne Verstappen,John Bowes,Alex J. MacGregor,Suguru Honda,Masaru Koido,Kohei Tomizuka,Yoichiro Kamatani,Hiroaki Tanaka,Eiichi Tanaka,Akari Suzuki,Yuichi Maeda,Kenichi Yamamoto,Satoru Miyawaki,Gang Xie,Jinyi Zhang,Christopher I. Amos,Edward Keystone,Gertjan Wolbink,Irene van der Horst‐Bruinsma,Jing Cui,Katherine P. Liao,Robert J. Carroll,Hye‐Soon Lee,So‐Young Bang,Katherine Siminovitch,Niek de Vries,Lars Alfredsson,Solbritt Rantapää‐Dahlqvist,Elizabeth W. Karlson,Sang‐Cheol Bae,Robert P. Kimberly,Jeffrey C. Edberg,Xavier Mariette,T. Huizinga,Philippe Dieudé,Matthias Schneider,Martin Kerick,Joshua C. Denny,Koichi Matsuda,Keitaro Matsuo,Tsuneyo Mimori,Fumihiko Matsuda,Keishi Fujio,Yoshiya Tanaka,Atsushi Kumanogoh,Matthew Traylor,Cathryn M. Lewis,Stephen E. Epstein,Huji Xu,Richa Saxena,Thurayya Arayssi,Yuta Kochi,Katsunori Ikari,Masayoshi Harigai,Peter K. Gregersen,Kazuhiko Yamamoto,S. Louis Bridges,Leonid Padyukov,Javier Martı́n,Lars Klareskog,Yukinori Okada,Soumya Raychaudhuri
出处
期刊:Nature Genetics [Springer Nature]
卷期号:54 (11): 1640-1651 被引量:112
标识
DOI:10.1038/s41588-022-01213-w
摘要

Rheumatoid arthritis (RA) is a highly heritable complex disease with unknown etiology. Multi-ancestry genetic research of RA promises to improve power to detect genetic signals, fine-mapping resolution and performances of polygenic risk scores (PRS). Here, we present a large-scale genome-wide association study (GWAS) of RA, which includes 276,020 samples from five ancestral groups. We conducted a multi-ancestry meta-analysis and identified 124 loci (P < 5 × 10−8), of which 34 are novel. Candidate genes at the novel loci suggest essential roles of the immune system (for example, TNIP2 and TNFRSF11A) and joint tissues (for example, WISP1) in RA etiology. Multi-ancestry fine-mapping identified putatively causal variants with biological insights (for example, LEF1). Moreover, PRS based on multi-ancestry GWAS outperformed PRS based on single-ancestry GWAS and had comparable performance between populations of European and East Asian ancestries. Our study provides several insights into the etiology of RA and improves the genetic predictability of RA. Multi-ancestry genome-wide association analyses identify 124 risk loci for rheumatoid arthritis, of which 34 are novel. A polygenic risk score based on multi-ancestry data showed comparable performance between populations of European and East Asian ancestries.
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