Tn5 transposase and tagmentation procedures for massively scaled sequencing projects

生物 大规模并行测序 转座酶 寡核苷酸 单细胞测序 DNA测序 计算生物学 杂交测序 巨量平行 霰弹枪测序 基因组文库 遗传学 计算机科学 DNA DNA测序器 转座因子 基序列 基因 并行计算 基因组 外显子组测序 突变
作者
Simone Picelli,Åsa K. Björklund,Björn Reinius,Sven Sagasser,Gösta Winberg,Rickard Sandberg
出处
期刊:Genome Research [Cold Spring Harbor Laboratory]
卷期号:24 (12): 2033-2040 被引量:790
标识
DOI:10.1101/gr.177881.114
摘要

Massively parallel DNA sequencing of thousands of samples in a single machine-run is now possible, but the preparation of the individual sequencing libraries is expensive and time-consuming. Tagmentation-based library construction, using the Tn5 transposase, is efficient for generating sequencing libraries but currently relies on undisclosed reagents, which severely limits development of novel applications and the execution of large-scale projects. Here, we present simple and robust procedures for Tn5 transposase production and optimized reaction conditions for tagmentation-based sequencing library construction. We further show how molecular crowding agents both modulate library lengths and enable efficient tagmentation from subpicogram amounts of cDNA. The comparison of single-cell RNA-sequencing libraries generated using produced and commercial Tn5 demonstrated equal performances in terms of gene detection and library characteristics. Finally, because naked Tn5 can be annealed to any oligonucleotide of choice, for example, molecular barcodes in single-cell assays or methylated oligonucleotides for bisulfite sequencing, custom Tn5 production and tagmentation enable innovation in sequencing-based applications.
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