Enhanced mapping of small-molecule binding sites in cells

小分子 蛋白质组 结合位点 光亲和标记 计算生物学 化学 生物 生物化学
作者
Jacob M. Wozniak,Weichao Li,Paolo Governa,Liyun Chen,Appaso Mahadev Jadhav,Ashok Dongre,Stefano Forli,Christopher G. Parker
出处
期刊:Nature Chemical Biology [Springer Nature]
卷期号:20 (7): 823-834 被引量:12
标识
DOI:10.1038/s41589-023-01514-z
摘要

Photoaffinity probes are routinely utilized to identify proteins that interact with small molecules. However, despite this common usage, resolving the specific sites of these interactions remains a challenge. Here we developed a chemoproteomic workflow to determine precise protein binding sites of photoaffinity probes in cells. Deconvolution of features unique to probe-modified peptides, such as their tendency to produce chimeric spectra, facilitated the development of predictive models to confidently determine labeled sites. This yielded an expansive map of small-molecule binding sites on endogenous proteins and enabled the integration with multiplexed quantitation, increasing the throughput and dimensionality of experiments. Finally, using structural information, we characterized diverse binding sites across the proteome, providing direct evidence of their tractability to small molecules. Together, our findings reveal new knowledge for the analysis of photoaffinity probes and provide a robust method for high-resolution mapping of reversible small-molecule interactions en masse in native systems. A chemoproteomic workflow was developed to determine the interaction sites of photoaffinity probes in cells, enabling the identification of diverse binding pockets and providing evidence of their tractability to small-molecule action.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
GYX完成签到 ,获得积分10
4秒前
kardeem完成签到,获得积分10
4秒前
lwtsy完成签到,获得积分10
6秒前
CY完成签到,获得积分10
8秒前
呆萌的小海豚完成签到,获得积分10
14秒前
霍霍完成签到 ,获得积分10
16秒前
23秒前
淞33完成签到 ,获得积分10
23秒前
wangye完成签到 ,获得积分10
26秒前
kehe!完成签到 ,获得积分0
26秒前
snow发布了新的文献求助10
27秒前
博慧完成签到 ,获得积分10
27秒前
欧阳完成签到 ,获得积分10
28秒前
afar完成签到 ,获得积分10
30秒前
dahong完成签到 ,获得积分10
34秒前
最美夕阳红完成签到,获得积分10
35秒前
研友_LMBAXn完成签到,获得积分20
37秒前
ZS完成签到,获得积分10
38秒前
红领巾klj完成签到 ,获得积分10
39秒前
拉萨小医生完成签到,获得积分10
43秒前
生生完成签到 ,获得积分10
43秒前
LiChard完成签到 ,获得积分10
45秒前
客官们帮帮忙完成签到 ,获得积分10
47秒前
清风徐来发布了新的文献求助10
50秒前
GIPCY完成签到 ,获得积分10
50秒前
hades完成签到 ,获得积分10
52秒前
53秒前
wo_qq111完成签到 ,获得积分10
55秒前
龙在天涯完成签到,获得积分10
57秒前
AmyHu发布了新的文献求助10
58秒前
子春完成签到 ,获得积分10
1分钟前
负责灵萱完成签到 ,获得积分10
1分钟前
hdc12138完成签到,获得积分10
1分钟前
风信子deon01完成签到,获得积分10
1分钟前
科研混子完成签到 ,获得积分10
1分钟前
sxd完成签到,获得积分10
1分钟前
马大翔完成签到,获得积分10
1分钟前
CLTTTt完成签到,获得积分10
1分钟前
Lucas应助公冶代桃采纳,获得10
1分钟前
1分钟前
高分求助中
Sustainability in Tides Chemistry 2800
The Young builders of New china : the visit of the delegation of the WFDY to the Chinese People's Republic 1000
Rechtsphilosophie 1000
Bayesian Models of Cognition:Reverse Engineering the Mind 888
Le dégorgement réflexe des Acridiens 800
Defense against predation 800
A Dissection Guide & Atlas to the Rabbit 600
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3134035
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2784845
关于积分的说明 7768930
捐赠科研通 2440286
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1297361
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 624945
版权声明 600792