Genome‐wide transcriptome analysis identifies novel dysregulated genes implicated in Alzheimer's pathology

转录组 生物 凝集素 基因表达 微阵列分析技术 微阵列 基因 内嗅皮质 室管膜下区 神经科学 病理 基因表达谱 遗传学 海马体 医学 细胞凋亡
作者
Kwangsik Nho,Kelly Nudelman,Mariet Allen,Angela Hodges,Sungeun Kim,Shannon L. Risacher,Liana G. Apostolova,Kuang Lin,Katie Lunnon,Xue Wang,Jeremy D. Burgess,Nilüfer Ertekin‐Taner,Ronald C. Petersen,Lisu Wang,Zhenhao Qi,Aiqing He,Isaac Neuhaus,Vishal Patel,Tatiana Foroud,Kelley Faber,Simon Lovestone,Andrew Simmons,Michael W. Weiner,Andrew J. Saykin
出处
期刊:Alzheimers & Dementia [Wiley]
卷期号:16 (9): 1213-1223 被引量:30
标识
DOI:10.1002/alz.12092
摘要

Abnormal gene expression patterns may contribute to the onset and progression of late-onset Alzheimer's disease (LOAD).We performed transcriptome-wide meta-analysis (N = 1440) of blood-based microarray gene expression profiles as well as neuroimaging and cerebrospinal fluid (CSF) endophenotype analysis.We identified and replicated five genes (CREB5, CD46, TMBIM6, IRAK3, and RPAIN) as significantly dysregulated in LOAD. The most significantly altered gene, CREB5, was also associated with brain atrophy and increased amyloid beta (Aβ) accumulation, especially in the entorhinal cortex region. cis-expression quantitative trait loci mapping analysis of CREB5 detected five significant associations (P < 5 × 10-8 ), where rs56388170 (most significant) was also significantly associated with global cortical Aβ deposition measured by [18 F]Florbetapir positron emission tomography and CSF Aβ1-42 .RNA from peripheral blood indicated a differential gene expression pattern in LOAD. Genes identified have been implicated in biological processes relevant to Alzheimer's disease. CREB, in particular, plays a key role in nervous system development, cell survival, plasticity, and learning and memory.
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