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真菌发育树
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1528
1
嘎嘎嘎
发表于：2022-04-03 17:17:49
求取真菌序列的BLAST分析以及发育树的构建方法
本帖完毕
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沙发
欧欧欧气
2022-04-08 17:54:15
Blast仅检测到属！！！！
1.准备好序列（1）未知菌 （2）外源菌
未知菌序列如果是seq文件，则复制到新建的text文档，保留首行“>”并改写自定义名称“>Occultifur sp.M-WS23（MZ343380）”，删去多余数字等
2.打开blast网站BLAST: Basic Local Alignment Search Tool (nih.gov)
3.点击“nucleotide blast”
4.如下图操作
5.点击“blast” 等待几分钟
6.在结果页，选择需要与“未知菌”比对的“相似菌”的序列，点击“download”下载并命名。页面介绍如图（ 可以在当前页查看距离，选择适合的。）
打开刚刚从blast下载的txt文本，修改“>·····”使之一致，重命名后缀“.fas”，双击即可打开“mega”界面。如图添加其他序列
“mega”界面，光标放置“Edit”--点击“Select all”选中所有序列；光标放置“W”，点击“Align DNA”后续按默认选择并等待几分钟。保存数据，命名，得mas文件。
“mega”界面，光标放置“phylogeny”--点击“NJ”--后续如图---点击“√”
后续是对树的美化
(可以B站看看)
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1小时前
非常感谢！
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非常好用
6小时前
服务科研追梦人，哇看到这句话感动到有泪了，支持站长，加油中国科研！
1天前
学习了
1天前
每天签到，自己要是有能帮助别人找到的文献，回复后被采纳也可以获得积分，但是你没有工具和数据库可能不会那么快，如果很着急要用大量积分找文献或使用工具的话，平台是有高级捐赠通道的，10元=500积分，上限5k积分，应急的时候可以用下
1天前
老实了真老实了 再也不敢在网上着急了 一着急就容易出事
1天前
好的，谢谢，我还没用过这个浏览器。
1天前
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1.准备好序列（1）未知菌 （2）外源菌
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3.点击“nucleotide blast”
4.如下图操作
5.点击“blast” 等待几分钟
6.在结果页，选择需要与“未知菌”比对的“相似菌”的序列，点击“download”下载并命名。页面介绍如图（ 可以在当前页查看距离，选择适合的。）
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