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真菌发育树
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1755
1
嘎嘎嘎
发表于：2022-04-03 17:17:49
求取真菌序列的BLAST分析以及发育树的构建方法
本帖完毕
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沙发
欧欧欧气
2022-04-08 17:54:15
Blast仅检测到属！！！！
1.准备好序列（1）未知菌 （2）外源菌
未知菌序列如果是seq文件，则复制到新建的text文档，保留首行“>”并改写自定义名称“>Occultifur sp.M-WS23（MZ343380）”，删去多余数字等
2.打开blast网站BLAST: Basic Local Alignment Search Tool (nih.gov)
3.点击“nucleotide blast”
4.如下图操作
5.点击“blast” 等待几分钟
6.在结果页，选择需要与“未知菌”比对的“相似菌”的序列，点击“download”下载并命名。页面介绍如图（ 可以在当前页查看距离，选择适合的。）
打开刚刚从blast下载的txt文本，修改“>·····”使之一致，重命名后缀“.fas”，双击即可打开“mega”界面。如图添加其他序列
“mega”界面，光标放置“Edit”--点击“Select all”选中所有序列；光标放置“W”，点击“Align DNA”后续按默认选择并等待几分钟。保存数据，命名，得mas文件。
“mega”界面，光标放置“phylogeny”--点击“NJ”--后续如图---点击“√”
后续是对树的美化
(可以B站看看)
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细胞不提前做耐药筛选，不能定义为对这个细胞对顺铂已经产生耐药了，只能说是对顺铂药效的敏感性。关于皮下接种对顺铂更敏感，这个我没有太多依据说这个不对，但目前可能跟研究方式和药物作用有关
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6.在结果页，选择需要与“未知菌”比对的“相似菌”的序列，点击“download”下载并命名。页面介绍如图（ 可以在当前页查看距离，选择适合的。）
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