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Osmium‐Mediated Transformation of 4‐Thiouridine to Cytidine as Key To Study RNA Dynamics by Sequencing

核糖核酸 胞苷 计算生物学 信使核糖核酸 基因表达 生物 DNA微阵列 分子生物学 胞嘧啶 寡核苷酸 化学 基因 细胞生物学 生物化学
作者
Christian Riml,Thomas Amort,Dietmar Rieder,Catherina Gasser,Alexandra Lusser,Ronald Micura
出处
期刊:Angewandte Chemie [Wiley]
卷期号:129 (43): 13664-13668 被引量:7
标识
DOI:10.1002/ange.201707465
摘要

Abstract To understand the functional roles of RNA in the cell, it is essential to elucidate the dynamics of their production, processing and decay. A recent method for assessing mRNA dynamics is metabolic labeling with 4‐thiouridine (4sU), followed by thio‐selective attachment of affinity tags. Detection of labeled transcripts by affinity purification and hybridization to microarrays or by deep sequencing then reveals RNA expression levels. Here, we present a novel sequencing method (TUC‐seq) that eliminates affinity purification and allows for direct assessment of 4sU‐labeled RNA. It employs an OsO 4 ‐mediated transformation to convert 4sU into cytosine. We exemplify the utility of the new method for verification of endogenous 4sU in tRNAs and for the detection of pulse‐labeled mRNA of seven selected genes in mammalian cells to determine the relative abundance of the new transcripts. The results prove TUC‐seq as a straight‐forward and highly versatile method for studies of cellular RNA dynamics.
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