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Flexible Ligand Docking with Glide

对接(动物) 配体(生物化学) 虚拟筛选 蛋白质-配体对接 寻找对接的构象空间 化学 立体化学 计算机科学 结晶学 蛋白质结构 受体 生物化学 药效团 医学 护理部
作者
Matthew P. Repasky,Mee Shelley,Richard A. Friesner
出处
期刊:Current protocols in bioinformatics [Wiley]
卷期号:18 (1) 被引量:202
标识
DOI:10.1002/0471250953.bi0812s18
摘要

Glide is a ligand docking program for predicting protein-ligand binding modes and ranking ligands via high-throughput virtual screening. Glide utilizes two different scoring functions, SP and XP GlideScore, to rank-order compounds. Three modes of sampling ligand conformational and positional degrees of freedom are available to determine the optimal ligand orientation relative to a rigid protein receptor geometry. This unit presents protocols for flexible ligand docking with Glide, optionally including ligand constraints or ligand molecular similarities.

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