De novo assembly of the complete mitochondrial genome of sweet potato (Ipomoea batatas [L.] Lam) revealed the existence of homologous conformations generated by the repeat-mediated recombination

生物 基因组 线粒体DNA 甘薯 遗传学 基因 同源染色体 细胞质雄性不育 植物
作者
Zhijian Yang,Yang Ni,Zebin Lin,Liubin Yang,Guotai Chen,Nuerla Nijiati,Yunzhuo Hu,Xuanyang Chen
出处
期刊:BMC Plant Biology [Springer Nature]
卷期号:22 (1) 被引量:42
标识
DOI:10.1186/s12870-022-03665-y
摘要

Sweet potato (Ipomoea batatas [L.] Lam) is an important food crop, an excellent fodder crop, and a new type of industrial raw material crop. The lack of genomic resources could affect the process of industrialization of sweet potato. Few detailed reports have been completed on the mitochondrial genome of sweet potato. In this research, we sequenced and assembled the mitochondrial genome of sweet potato and investigated its substructure. The mitochondrial genome of sweet potato is 270,304 bp with 23 unique core genes and 12 variable genes. We detected 279 pairs of repeat sequences and found that three pairs of direct repeats could mediate the homologous recombination into four independent circular molecules. We identified 70 SSRs in the whole mitochondrial genome of sweet potato. The longest dispersed repeat in mitochondrial genome was a palindromic repeat with a length of 915 bp. The homologous fragments between the chloroplast and mitochondrial genome account for 7.35% of the mitochondrial genome. We also predicted 597 RNA editing sites and found that the rps3 gene was edited 54 times, which occurred most frequently. This study further demonstrates the existence of multiple conformations in sweet potato mitochondrial genomes and provides a theoretical basis for the evolution of higher plants and cytoplasmic male sterility breeding.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
花火易逝完成签到,获得积分10
1秒前
8R60d8完成签到,获得积分0
1秒前
1秒前
3216完成签到,获得积分10
2秒前
11完成签到,获得积分10
2秒前
糖醋排骨在逃应助陈小二采纳,获得10
3秒前
eric完成签到 ,获得积分10
4秒前
认真的寒香完成签到,获得积分10
4秒前
Danboard完成签到,获得积分10
4秒前
neurojie完成签到,获得积分10
5秒前
读书的女人最美丽完成签到,获得积分10
5秒前
chenn完成签到 ,获得积分10
5秒前
你要到文献了嘛完成签到,获得积分20
5秒前
隐形路灯完成签到 ,获得积分10
5秒前
ALIVE_STAR完成签到,获得积分10
6秒前
日天的马铃薯完成签到,获得积分10
6秒前
舒适映寒完成签到,获得积分10
6秒前
7秒前
Lucy小影完成签到,获得积分10
7秒前
shhoing应助ss采纳,获得10
7秒前
大模型应助灯火入眉弯采纳,获得10
7秒前
悄悄完成签到 ,获得积分10
7秒前
xw完成签到,获得积分10
8秒前
zhu发布了新的文献求助10
9秒前
X_XI完成签到,获得积分10
9秒前
10秒前
xxx完成签到,获得积分10
10秒前
gpy完成签到 ,获得积分10
10秒前
LT发布了新的文献求助10
11秒前
活力的妙之完成签到 ,获得积分10
12秒前
王大帅哥完成签到,获得积分10
12秒前
蒜头完成签到,获得积分10
12秒前
Silence完成签到,获得积分10
12秒前
FashionBoy应助猛犸象冲冲冲采纳,获得10
13秒前
喜之郎完成签到,获得积分10
13秒前
Alicia完成签到,获得积分10
13秒前
飞天小女警完成签到,获得积分10
13秒前
14秒前
Silence发布了新的文献求助10
15秒前
调研昵称发布了新的文献求助10
15秒前
高分求助中
Evolution 2024
Experimental investigation of the mechanics of explosive welding by means of a liquid analogue 1060
Die Elektra-Partitur von Richard Strauss : ein Lehrbuch für die Technik der dramatischen Komposition 1000
How to Create Beauty: De Lairesse on the Theory and Practice of Making Art 1000
Gerard de Lairesse : an artist between stage and studio 670
大平正芳: 「戦後保守」とは何か 550
LNG地下タンク躯体の構造性能照査指針 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3004872
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2664288
关于积分的说明 7221177
捐赠科研通 2300923
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1220238
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 594615
版权声明 593226