De novo assembly of the complete mitochondrial genome of sweet potato (Ipomoea batatas [L.] Lam) revealed the existence of homologous conformations generated by the repeat-mediated recombination

生物 基因组 线粒体DNA 甘薯 遗传学 基因 同源染色体 细胞质雄性不育 植物
作者
Zhijian Yang,Yang Ni,Zebin Lin,Liubin Yang,Guotai Chen,Nuerla Nijiati,Yunzhuo Hu,Xuanyang Chen
出处
期刊:BMC Plant Biology [Springer Nature]
卷期号:22 (1) 被引量:42
标识
DOI:10.1186/s12870-022-03665-y
摘要

Sweet potato (Ipomoea batatas [L.] Lam) is an important food crop, an excellent fodder crop, and a new type of industrial raw material crop. The lack of genomic resources could affect the process of industrialization of sweet potato. Few detailed reports have been completed on the mitochondrial genome of sweet potato. In this research, we sequenced and assembled the mitochondrial genome of sweet potato and investigated its substructure. The mitochondrial genome of sweet potato is 270,304 bp with 23 unique core genes and 12 variable genes. We detected 279 pairs of repeat sequences and found that three pairs of direct repeats could mediate the homologous recombination into four independent circular molecules. We identified 70 SSRs in the whole mitochondrial genome of sweet potato. The longest dispersed repeat in mitochondrial genome was a palindromic repeat with a length of 915 bp. The homologous fragments between the chloroplast and mitochondrial genome account for 7.35% of the mitochondrial genome. We also predicted 597 RNA editing sites and found that the rps3 gene was edited 54 times, which occurred most frequently. This study further demonstrates the existence of multiple conformations in sweet potato mitochondrial genomes and provides a theoretical basis for the evolution of higher plants and cytoplasmic male sterility breeding.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
莫歌完成签到 ,获得积分10
1秒前
Zippon完成签到,获得积分10
1秒前
友好的牛排完成签到,获得积分10
2秒前
131完成签到,获得积分10
3秒前
luermei完成签到,获得积分10
3秒前
可耐的寒松完成签到,获得积分10
4秒前
仚屳完成签到 ,获得积分10
5秒前
零花钱完成签到 ,获得积分10
5秒前
舒适怀寒完成签到 ,获得积分10
6秒前
自由的中蓝完成签到 ,获得积分10
7秒前
小学徒完成签到,获得积分10
7秒前
miaomiao完成签到 ,获得积分10
8秒前
下水道修理工完成签到,获得积分10
8秒前
swing完成签到 ,获得积分10
9秒前
圈圈完成签到,获得积分10
10秒前
要不要分梨完成签到 ,获得积分10
10秒前
hdg完成签到 ,获得积分10
11秒前
橙子完成签到 ,获得积分10
11秒前
老迟到的凌丝完成签到,获得积分20
12秒前
小鑫鑫1027完成签到,获得积分10
14秒前
wuxb完成签到,获得积分10
15秒前
15秒前
蓝天碧海小西服完成签到,获得积分0
17秒前
陌子发布了新的文献求助10
17秒前
闲人不贤完成签到,获得积分10
18秒前
大个应助小王子采纳,获得10
19秒前
Mollyshimmer完成签到,获得积分10
19秒前
大魔王完成签到,获得积分10
19秒前
CP完成签到,获得积分10
20秒前
笑林完成签到 ,获得积分10
20秒前
大胆的忆寒完成签到,获得积分10
22秒前
张三坟完成签到,获得积分0
23秒前
bjr完成签到 ,获得积分10
25秒前
July完成签到,获得积分10
25秒前
XIEMIN完成签到,获得积分10
26秒前
疯狂的咖啡豆完成签到,获得积分20
26秒前
李健应助Carrie采纳,获得10
28秒前
wyuxilong完成签到,获得积分10
28秒前
zmx完成签到 ,获得积分10
29秒前
慕楠完成签到,获得积分10
30秒前
高分求助中
Evolution 2024
Die Elektra-Partitur von Richard Strauss : ein Lehrbuch für die Technik der dramatischen Komposition 1000
How to Create Beauty: De Lairesse on the Theory and Practice of Making Art 1000
Gerard de Lairesse : an artist between stage and studio 670
大平正芳: 「戦後保守」とは何か 550
LNG地下タンク躯体の構造性能照査指針 500
2019第三届中国LNG储运技术交流大会论文集 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3004845
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2664181
关于积分的说明 7220444
捐赠科研通 2300735
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1220214
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 594595
版权声明 593226