Bioinformatics tools for quantitative and functional metagenome and metatranscriptome data analysis in microbes

基因组 计算生物学 微生物群 生物 人类微生物组计划 功能(生物学) 仿形(计算机编程) 基因 生物信息学 计算机科学 遗传学 操作系统
作者
Sheng Niu,Jinyu Yang,Adam McDermaid,Jing Zhao,Yu Kang,Qin Ma
出处
期刊:Briefings in Bioinformatics [Oxford University Press]
卷期号:19 (2): 360-360 被引量:35
标识
DOI:10.1093/bib/bby012
摘要

Metagenomic and metatranscriptomic sequencing approaches are more frequently being used to link microbiota to important diseases and ecological changes. Many analyses have been used to compare the taxonomic and functional profiles of microbiota across habitats or individuals. While a large portion of metagenomic analyses focus on species-level profiling, some studies use strain-level metagenomic analyses to investigate the relationship between specific strains and certain circumstances. Metatranscriptomic analysis provides another important insight into activities of genes by examining gene expression levels of microbiota. Hence, combining metagenomic and metatranscriptomic analyses will help understand the activity or enrichment of a given gene set, such as drug-resistant genes among microbiome samples. Here, we summarize existing bioinformatics tools of metagenomic and metatranscriptomic data analysis, the purpose of which is to assist researchers in deciding the appropriate tools for their microbiome studies. Additionally, we propose an Integrated Meta-Function mapping pipeline to incorporate various reference databases and accelerate functional gene mapping procedures for both metagenomic and metatranscriptomic analyses.
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